La storia narra le avventure di Gon Freecss, un giovane ragazzo che vuole diventare un hunter per seguire le orme del padre. Gli hunter sono figure di particolare prestigio all'interno della società e per diventarlo occorre superare un singolare e durissimo esame, durante il quale Gon incontrerà molti altri aspiranti hunter e con alcuni di loro, in particolare con Leorio, Kurapika e Killua, stringerà un forte legame di amicizia che proseguirà anche dopo l'esame. Nel corso delle loro avventure Gon e gli altri hunter avranno modo di affinare sempre più le proprie capacità trovandosi ad affrontare nemici sempre più forti, mentre Gon proseguirà la ricerca di suo padre Ging.