Con l'era Meiji il Giappone inizia un nuovo capitolo della sua Storia. Nuovi modi di pensare e di agire, nuove figure di spicco e quindi nuovi tumulti. La pace sembra essere stata raggiunta e del resto le stesse spade con le quali i samurai si battevano sono state riposte nei loro foderi. Tra le stradine delle città però aleggia il nome di Battosai Himura, il leggendario spadaccino, che sta terrorizzando il popolo per i suoi attacchi. Sulle sue tracce c'è la giovanissima Kaoru, unica erede di un dojo in rovina, che durante la sua ricerca si imbatte in un samurai vagabondo, Kenshin, il vero samurai leggendario che è tutt'altro che pericoloso come viene dipinto (a causa delle malefatte di chi usa impropriamente il suo nome)...